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蘑菇废料还可以当有机肥用，蘑菇废料中的有益菌可抑制土壤中有害病菌的产生，利用菌体蛋白等有机质改良土壤，增加营养，改善生态环境。可有效防治病害的发生，减少化肥、农药用量。常用作林果业、农作物、花卉种植的肥料.
蘑菇常用的是玉米棒、锯末、棉花籽等原料，而且又是有益菌，蘑菇废料还可以当有机肥用，它可以分解其他有机肥料里的有机质。但在当肥料使用的时候，要按一定的比例与其他肥料配合使用。
蘑菇废料能有效改善土壤环境，促进植物生长,蘑菇废料变成了种植花草树木的优良肥料，深得园林部门和花木种植户的青睐，市场供不应求.
蘑菇废料培育的果蔬品质好，既减少了环境污染，提高了土壤肥力，改善了土壤结构，又降低了种植成本，可谓一举多得。目前，一百亩果蔬田中，有60%都以蘑菇废料作为有机肥料，一年可节省三千多元生产成本。
蘑菇种植所产生的废料中所含的元素远高于肥料。将蘑菇废料当作肥料，果蔬的产量有所增加，废料污染环境的难题也得到了解决。
珍珠岩性质稳定，透气性好，无菌无毒，资源丰富；泥炭富含有机质，质地细腻，持水与保水力强，珍珠岩与泥炭的混合基质在我国蔬菜无土栽培中被广泛应用。但是，泥炭资源相对贫乏，且成本较高，一定程度限制其应用的范围。蘑菇废料是蘑菇生产后的废弃物，属有机生态型无土栽培基质，取材方便，资源丰富，成本低廉。为筛选出经济实用的复合基质，我们进行了珍珠岩、泥炭、蘑菇废料的不同配比对生菜幼苗的影响试验。
食用菌菌渣（菇渣）：有机质94.8%，铜19.9%??，铁0.29%，锌31.7%，钙2.77%，镁1.21%，硼22.3%，氮磷钾含量6个，氨基酸11.22%腐植酸36.5%，原料粉碎完全腐熟发酵。
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