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Illumina Miseq是2011年2月推出的新一代小型化（bench-top）测序仪，这款仪器使用了Illumina TruSeq可逆中止碱基边合成边测序的化学方法，与HiSeq 2000相比，虽然每个Run的测序通量很低，但是久经考验的新一代测序试剂带来无可比拟的准确性，结合上全新的流体系统，使得一个测序循环时间缩短了8倍以上。
技术特点
1、测序周期短：Miseq V2 150PE运行时间短至24小时，可用于快速高效的扩增子测序或小基因组测序，以极少的时间完成数据量需求较少的项目。
2、Pair-end 读长达250bp：Miseq测序读长已经达到2×250bp，可有效地跨越复杂基因组的高度重复区域，从而提高拼装的效果，更有利于进行基因注释和基因功能的深入挖掘。
3、测序流程便捷：小巧、一体化的MiSeq平台整合了cluster生成，Pair-end测序和完整的数据分析，节省了实验室空间。通过直观的触摸屏界面开展简单的仪器操作，即插即用的试剂带有RFID追踪，具有自动化的便利。
测序流程
应用范围
1、扩增子测序
长的末端配对读取能力、速度与高数据质量，使得扩增子测序的项目可在几天内完成。
2、转录组测序
与454测序仪相比，长度类似，价格便宜，便于实现De novo组装，更全面的基因注释。
3、小基因组De novo组装
2×250bp读长与高达7G的测序通量，适合如微生物这类小基因组的项目，拼接效果好。
4、微生物多样性分析
2×250bp读长，已经可以测通一些可变区域，更有利于提高分析结果的准确性。
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